1、但同时也要考虑到随着人口自然增长，污水处理设备建成后可能面临水源不足，污水处理设备运行负荷水平较低问题。目前农村污水处理项目管理、维护和运行水平不高，甚至在建设完成后无法正常运行。村镇污水处理工程的长期稳定运行，是对农村水环境改善的极大助力。
2、农村污水处理方面，重建设轻管理的问题时有发生，晒太阳在部分地区甚至成为司空见惯的现象。很多地方政府投入巨资建设农村污水处理项目，但由于忽视日常管理，这些项目被忽视，造成大量垃圾产生。由于农村污水处理厂的处理规模往往很小、数量众多、高度分散，很难为每个厂配备专业的运维人员。
3、更多的农村地区面临给水、排水、污水处理基础设施不完善的问题，农污处理费用无法收取，地方政府无法“兜底”，依赖补贴难以实现长期运营。为追求政绩而盲目治理，导致农污项目陷入“图数量不图质量”的怪圈。
4、农村污水处理 设施的设计受到多方面的影响，包括当地供水方式、房屋密度、土壤及地下水条件、地理条件、污水产量、水资保护区分布、可用土地、当地民俗文化、气候、供电条件和财政限制等。许多农村污水处理设施未能结合农村的区域差异性特征，建立建设成本低、处理效果好、运行费用低的工艺模式。
5、对一些村庄来说，污水处理设施建成后，运营和维护成本成为新问题。以电费为例，很多新建的污水处理设施只能选择耗电量大、能耗高的污水处理设备，每月电费从几百到几千不等。一旦项目没有持续的运维资金，设备很快就会无法使用。这样的项目对于经济欠发达地区来说无疑是一个巨大的负担。
国内村镇污水处理设施常用工艺有AO-人工湿地、A2/O-人工湿地改良、厌氧滤池-氧化塘-生态沟渠以及MBR（膜生物反应器）工艺。AO-人工湿地工艺是一种通过湿地系统对污水进行生物净化处理的工艺。湿地中的植物、微生物等能够吸附、分解污水中的有机物和氨氮等污染物，有效改善水质。
乡村污水处理设备工艺技术主要分以下三大类：物理法：物理法污水处理是指采用物理或机械分离对污水进行处理，常用的方法有：过滤、沉淀、离心分离、上浮、隔油。通常物理法主要用于乡村污水处理设备的预处理阶段，去除较大颗粒的杂质和污染物。
我国农村生活污水处理，常采用两种主要工艺：好氧生物处理与生态处理。好氧生物处理，以活性污泥法与生物膜法为基础，包含A2/O工艺、生物转盘、曝气生物滤池、膜生物反应器等。这类方法通过微生物活性，将污水中的有机物分解为无害物质。生态处理则依靠土壤、植物及微生物，其去除污染物机制较为自然。
小型农村生活污水处理设备的处理工艺常用的主要有：化粪池+人工湿地、一体化净化槽、生态资源利用。化粪池+人工湿地 三格式化粪池+人工湿地是投资造价较低的处理工艺，适用于村镇布局规划不确定的一般村和排水体制尚不健全、水环境容量大的地区。化粪池属于简易型农村污水处理设备，基本不具备脱氮除磷效果。
化粪池技术 用于生活污水的收集和预处理，建议保留化粪池或村民门口附近的坑塘。化粪池不仅可以起到收集污水的作用，同时还可以通过微生物新陈代谢作用除去部分有机质。工艺流程为分离池-腐化池-酸化池-氧化池-排放。该工艺无动力、低能耗、占地面积小、出水水质好。
近年来，随着村镇生活污水的治理越来越受到人们的重视，国内在村镇生活污水处理等方面积累了一定的经验，涌现了一批较为成熟的处理工艺。目前国内已建村镇生活污水处理工程常用工艺主要有以下5种工艺：AO→人工湿地工艺、改良A2/O→人工湿地工艺、厌氧滤池→氧化塘→生态沟渠工艺、净化槽工艺和MBR（膜生物反应器）工艺。
各地要参照省级补助标准，将农村生活污水垃圾治理费用纳入本级财政预算，加大财政投入。对采用捆绑打包PPP模式，省级专项补助资金上浮10%。
政府补贴：在某些地区，政府会针对符合条件的家庭提供一定的补贴资金，用于购买和安装污水处理设备。这些补贴通常由当地农业、环保或住建部门负责管理和发放。优惠利率贷款：一些银行或其他金融机构可能会推出针对农村污水治理设施的优惠贷款，以帮助农户更好地进行污水处理改造。
为确保三峡水库水质，国家对这些乡镇的污水处理厂都采取逐年递减的补贴方式确保正常运转。按照各地污水水量，国家在2006年补0.80元/吨，2008年为0.40元/吨，2009年为0.30元/吨，2010年为0.20元/吨，之后国家不再补贴。